天然药物及仿生药物国家重点实验室筹建于1985年,是我国首批建立的国家重点实验室，也是中国高校建立最早的药物研究国家重点实验室。实验室充分利用北京大学多学科、自由探索及特色化发展的综合优势，围绕天然产物复杂成分成药性的基础科学问题和内源性物质发挥治疗功能的仿生关键技术瓶颈开展基础与应用基础研究，旨在探索未来可能成为治疗药物的源头发现以及药物发展的新趋势和新方向。
目前，实验室中国科学院院士2人；9人为973首席科学家，12人为国家杰出青年基金获得者，1人入选中组部首批青年拔尖人才，200余人次在国内外重要学术组织和学术期刊任职。5年来，承担 “973计划” 、“863计划”、重大科技专项、重大新药创制、科技支撑计划、基金委重大重点项目100余项。实验室在药学前沿领域取得了系统性、原创性成果，在Science、Cell、JMC、JACS、Biomaterials、JNPACIE等国际权威杂志上发表学术论文600余篇，其中影响因子大于5的论文275篇，荣获国家自然科学二等奖2项，国家科学技术进步二等奖1项，获发明专利授权127项。
实验室现有面积12000平方米，建立了核磁共振、质谱、顺磁、药物筛选、计算机辅助药物设计、药物 ADME/T评价等国际先进的公共仪器平台。本着“开放、联合、竞争”的原则，与国内外高校、科研机构、大型药企开展密切交流与合作研究。
5年来，培养硕士、博士研究生和博士后1000余名，多人获得国家奖学金，五四奖学金、北京市优秀毕业生等奖励，并在国际、国内学术会议上获奖，数人入选青年千人等人才计划并成为国内知名大学的独立PI。